Die Sozial- und Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät deckt mit 25 Studienrichtungen das komplette Studienspektrum dieser beiden Fachrichtungen ab. Mit dem in Österreich einzigartigen Studium Sozialwirtschaft werden wichtige Inhalte aus beiden Bereichen kombiniert. Insgesamt sind an dieser Fakultät rund 7.750 Personen inskribiert, die ein Diplom-, Bachelor-, Master- oder Doktoratsstudium absolvieren.

Die Technisch-Naturwissenschaftliche Fakultät bietet 30 Bachelor-, Master-, Diplom-, Lehramts- und Doktoratsstudien, an denen etwa 4.350 Personen studieren. Absolute Zukunftsfelder sind hier Kunststofftechnik, Informationselektronik oder Bioinformatics.

In der Rechtswissenschaftlichen Fakultät absolvieren etwa 7.700 Personen ein Diplom-, Bachelor-, Master- oder Doktoratsstudium in einer von fünf Studienrichtungen.

Seit Herbst 2014 verfügt die JKU Linz auch über eine Medizinische Fakultät und bietet dort als erste österreichische Universität das Studium der Humanmedizin im Bachelor-Master-System gemeinsam mit der Medizinischen Universität Graz an. Die 60 Studierenden absolvieren die vorklinische Ausbildung in Graz, im Anschluss wechseln sie an die JKU. In den nächsten Jahren wird sich die Anzahl der Medizinstudent/innen schrittweise erhöhen, bis sie schließlich in der Vollausbaustufe im Jahr 2028 1.800 Studierende zählen wird.